Een groot deel van de polder is in beheer bij Staatsbosbeheer. Men vindt er rietlanden en opslag van elzenbroekbos. Een deel van het natuurgebied is aangemerkt als beschermd Natura 2000-gebied onder de naam Wormer- en Jisperveld & Kalverpolder. In de Kalverpolder komt de Vroege glazenmaker (Aeshna isoscelesis) voor. Deze libel komt vrijwel alleen in veenweidegebieden voor en dus vrijwel alleen in Holland. De Nederlandse populatie is daarom de grootste van Europa. Van de bijzondere planten kan het Goudknopje (Cotula coronopifolia) worden genoemd, dat in groten getale in het westelijke deel van de polder is te vinden.
Er broeden in de Kalverpolder veel weidevogels, zoals de Grutto. Door de verruiging van het gebied, ten gevolge van niet-agrarisch beheer, neemt het aantal broedende vogelsoorten toe, maar neemt het aantal weidevogels af.
Op een aantal hoger gelegen percelen vindt afspoeling van voedingsstoffen plaats en kan zich veenmosrietland ontwikkelen, dat uiteindelijk kan overgaan in natte heide, wat een waardevol en zeldzaam vegetatietype is.